随着信息技术的进步，许多企业都需要先进的管理思想和方法来引导变革，以提高企业的整体效率和市场竞争能力，所以ERP管理系统也随之成为争相使用的宠儿，ERP系统作为一个套装软件，属于行业通用，但每个企业都有其自身的特点，也存在一些个性化业务需求。
这时就需要进行二次开发，不过在二开时既要吸纳软件中的先进管理思想，又要保持企业特色，如果离开这个目标，只是一味受制于业务部门需求，只会使ERP这个管理系统越来越难以管理，最终造成管理的混乱而不是提升。
企业ERP系统在二次开发时需要注意哪些问题?
1、不要过多地强调企业自身特点：
“二次开发的时候，不要过多地强调企业自身的特点，ERP软件中的管理流程是从许多企业中提炼出来的，具有先进性。”因为ERP具有自身一套体系，如果系统不能满足企业的需要，也会把“不要修改核心代码”作为基本原则。应该把数据从ERP中导出，利用二次开发的程序进行处理后，再导入系统。
这样可以以最小的变动获得最大的收获，但如果直接修改了核心代码，往后再升级就很困难。二次开发中，修改不宜过多。因为ERP软件是一个很复杂的大型软件，从软件工程的角度来说，开发者应该保持对项目的可追溯性。如果修改过多的话，这种可跟踪的追溯性将变得模糊不清，最终导致项目不可控。
2、需要专业的技术人员操作：
“从事二次开发的人员既要熟悉软件的功能和相应数据库中表的结构，又要充分理解用户的特殊业务流程，这需要一定的时间和工作的，甚至可能会使项目延期;再者，改动软件后还可能出现系统的不稳定，影响版本升级。”
如果必须进行二次开发，则应尽量使得二次开发做出的功能模块独立于原来的ERP系统，这样，当ERP系统版本更新时，二次开发出来的模块无需修改或者只需较少的修改就可以应用于高版本的ERP系统。
3、向企业实际情况靠拢：
“从企业的管理角度看，除了满足公开的信息之外，还需要ERP系统提供企业内部管理的信息。”ERP系统更多地按行业、分模块开发，尽管在系统初始化时提供各种参数供企业根据实际状况设定，但即便是同一行业中的不同企业在发展规模、发展周期、细分市场等方面对信息的关注重点也会有所差异。
企业在财务核算通用化之外还会有自己的诉求，因此会通过适度的二次开发来更好地满足自身的需求。我们的二次开发是基于现有ERP系统及其他管理软件的数据库，结合企业自身财务管理的需求展开。
ERP系统二次开发的可能带来的风险：
1、会降低系统稳定性：成熟ERP软件是由优秀的团队经过很长时间研制出来的，具有较高的稳定性，而二次开发只对单一用户的需求，对某局部的更改往往因为没有考虑对全局的影响而殃及整个系统的稳定性，并且二次开发的测试和试运行时间有限，出现BUG的机率较多，系统复杂度以及耦合度增大，降低系统的稳定性。
2、会偏离企业实施ERP系统获得管理水平的提升、优化企业流程的最初目标：二次开发需求往往会使ERP系统合理的逻辑屈服于企业固有的、习惯的工作方法，也会因提高不同部门员工使用系统的效率，而影响流程的稳定性。
3、会增加ERP项目的成本：因为软件的规模效应，产品软件的价格相对于其功能是相当低的。而二次开发只针对唯一用户，所以这些程序开发的全部成本由其承担，即使用企业自行二次开发，也要投入人力、物力，势必增加ERP项目的成本。
4、增加系统升级的难度：ERP供应商会阶段性的对系统新功能扩充，推出新的版本。系统的升级只针对标准版的，不会考虑到用户化和二次开发部分，所以系统二次开发工作大部分要重新修改或者开发，有些甚至无法再升级了，这是二次开发的最致命的弊端。
尽管各企业ERP二次开发是不尽相同的，但必须把握好二次开发的原则，毕竟实施ERP二次开发项目的目的是提升企业的管理水平，优化企业的流程，所以因提升个别工作效率而会影响业务流程的稳定性，坚决不做;
因工作效率提升，并未对业务流程以及管理水平有帮忙的开发，尽量少做，同时要对整个企业的业务进行IT规划，二次开发要求的合理性分析，要有所取舍，尽量利用原有的“闲置”字段，避免改动数据库结构，由于ERP是一项庞杂的系统工程，ERP二次开发要建立一套完整的开发流程、开发标准。
